随着人们环保意识的增强和健康意识的提高，人们越来越钟爱“绿色”食品。因此，生物农药的正确高效使用引起慢慢的变多人的关注。目前，生物农药已在大田作物、蔬菜、果树、花卉上广泛推广和使用。但是，由于生物农药的使用效果常常受到多种因素的影响，因此我们在实际应用中应最大限度地利用其有利因素，克服和避免坏因，最大限度的提高生物农药的防效。
生物农药的使用效果由于受到环境因子的影响较大。因此，实际应用上生物农药从喷洒于植物到昆虫取食或接触菌体需要一定的时间，而从害虫取食到死亡也需要一个过程，在这一时期易受外界影响。其中影响最大的因素是温度、湿度、光照和风。温度不仅作用于生物杀虫剂孢子，而且还作用于害虫本身，进而影响病原微生物的致病性和毒性；湿度对生物杀虫剂孢子的繁殖和扩散有直接关系，湿度大，微生物孢子繁殖和扩散快，易感染和杀死害虫；阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，因此在施用时应尽量避开强光，如下午4时以后使用效果较好，风对粉剂生物农药的飘移和扩散有着至关重要的作用，在微风下施用粉剂，作用效果最佳。
不同地区，生物农药的使用效果也不完全一样。我国地域广阔，地区差异性较大，南方潮湿多雨，北方和西部地区干旱少雨。生物杀虫剂只有在满足其生活所需的最佳条件时，才能发挥最大作用。一方面在干旱地区要加大喷药用水量，造成一种高湿环境，这样易于微生物孢子的存活和繁殖；另一方面可在制剂中加入一些特定的高分子物质和增加溶液粘度的物质，如淀粉、动物骨胶、草木灰浸出液等，这样做才能够减少载体喷洒出来的沉积液中蒸发，从而避免快速干燥的发生，来提升生物农药的使用效果。
害虫是生物农药作用的对象，对于不一样及特性的害虫，生物农药的使用方法也不同。害虫一生有几个不同的发育阶段，各个发育阶段对生物杀虫剂的抵抗力不同，因此了解害虫所处的发育阶段，对防治是十分必要的。例如：菜青虫一生可分为卵、幼虫、蛹、蛾四种不同的发育阶段，卵期有卵壳保护，蛹期有蛹体保护，老龄幼虫又有较厚的蜡质层保护，而成虫有翅可飞行。因此，只有选择低龄幼虫期施药，才能充分的发挥生物农药的效果，进而达到“治小，治早，治了”的要求。另外还要根据害虫取食特点使用不相同类型的生物杀虫剂，如BT对鳞翅目害虫效果很好，喷洒后分布于植物表面，使害虫取食或触药死亡，但对刺吸汁液的害虫 (如螨类)无效，而阿维菌素对螨虫作用效果很好。
生物农药在实际应用中，大多数喷洒系统效率都很低，通常是由上而下直接对作物施用，致使大量农药都聚集在作物最上面的叶子上，其它农药则损失在土壤里，特别是雾滴较大时，损失就更大。同时由于生物农药生产所带来的成本高，因而应优化用药技术。使用高性能喷洒机械势在必行，如采用弥雾法喷施，与扇形空气喷口配套的液压喷嘴喷出的雾滴小而均匀，使喷雾潜在飘流物减少并使较小液滴喷射至预期靶标叶，来提升生物农药的防效，降低生产成本。
生物农药的防治效果往往与剂型和使用技术紧密关联。因此，使用生物农药时要根据防治对象、气象条件和使用时期，正确选择适当的剂型，才可以做到最大防治效果。例如粉剂可借助空气浮力和风力分散于较大范围，从而同害虫有更大接触，对于食叶量很大的害虫如菜青虫可采用将可湿性粉剂加水配成悬浮液的方法喷雾，效果较好，而采用喷粉法效果就差些。胶囊剂不但有较长的防效，而且还能保护其中的病原体不受环境因子的影响，可用于大棚撒施。
在生物农药的实际利用中，不少人对生物农药的性质还不十分了解，误认为生物杀虫剂可杀害一切害虫，因而便不加选择地购买使用，其实不然，这样不但收不到应有的效果，增加生产所带来的成本，增加防治难度，而且还会延误防治时期。实际上，生物杀虫剂的专一性很强，杀虫谱不广，如苏云金杆菌(BT)对防治鳞翅目幼虫有效，而对同翅目的叶蝉就没有致命性，而且苏云金杆菌的不同品系对几种重要害虫的防效也存在着差异。因此，应针对不一样靶标害虫有明确的目的性地选择比较适合的生物农药品种。
在生物农药的实际利用中，根据害虫的迁飞特性还应采用生物农药与高效低毒低残留的化学农药配合使用的措施，因为在生物农药中加入低剂量的化学农药，可降低害虫的抵抗力，为病原微生物的侵入创造条件，同时害虫被病原微生物侵染后，又降低了对化学农药的抵抗力，这样两者相辅相成，从而起到了增效的作用。
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